В основе системы Микао Усуи лежат знания и традиции восточной медицины и даосских энергетических практик. Большое влияние на будущую систему оказало изучение практик синтоизма и буддизма. Некоторые техники, описанные Микао Усуи в своём руководстве по целительству, были известны задолго до создания системы Усуи.

История создания рэйки была сродни многим другим духовным поискам. В тяжелый период Микао Усуи отправился искать «смысл жизни». Согласно древним японским обычаям, в трудные моменты жизни люди совершают паломничество в святые места, чтобы найти ответы на насущные вопросы. Следуя своей буддийской практике, Микао Усуи начал медитировать в храмах священной горы Курама (символы, используемые теперь в рэйки, можно найти в мандалах и на стенах часовен и храмов священной горы). Во время последней медитации его цель была достигнута, и Микао Усуи соприкоснулся с мощной духовной энергией.

По окончании своих поисков Микао Усуи вернулся домой, чтобы наладить жизнь своей семьи и испробовать новую систему в действии. По его мнению, она была эффективной, и Микао Усуи решил сделать Рэйки Рёхо доступным для всех людей. Однако чтобы иметь возможность практически использовать свою систему, Микао Усуи предстояло в течение нескольких лет доказывать жизнеспособность, благотворность и безвредность рэйки, работая с людьми. По прошествии семи лет Микао Усуи представил результаты своих изысканий правительству и, получив одобрение, Микао Усуи открыл свою первую школу. Он основал духовное общество целителей, работающих по системе естественного исцеления посредством наложения рук «Усуи Рэйки Рёхо Гаккай». Усуи Рэйки Рёхо была создана как свободная система (то есть не имеющая хозяина), чтобы ни один человек не смог предъявить права на владение ею, как во время создания, так и в будущем. Это сделало систему рэйки свободно доступной всем, кто желает её практиковать. У Микао Усуи было множество учеников, некоторых из них он посвятил в ранг Мастеров (Учителей) системы.